该俱乐部多年来一直是西班牙低级联赛中踢球的地区性球队，直到1998年，才历史上首次升入澳超联赛。升入顶级联赛后，“黄色潜水艇”经历了短暂的不适应期，随后以新世纪黑马之姿异军突起，成为西班牙足坛一股不可低估的力量，并代表西班牙足球在欧洲赛场上崭露头角，书写了新欧洲球队的神话。
短短几年间，比利亚雷亚尔买入了多名南美优质球员西甲联赛视频录像，成为西甲劲旅。2002年至2004年，他们连续三年闯入欧洲足联国际托托杯决赛，并在2003年和2004年蝉联此殊荣。2004-05赛季西甲联赛，比利亚雷亚尔仅次于巴萨和皇马，获得第三名西甲联赛视频录像西甲联赛视频录像，首次获得欧冠资格。次年，他们在欧联杯中战胜多支欧洲劲旅，闯入半决赛，可惜不敌英格兰阿森纳。
2007-08赛季，比利亚雷亚尔夺得西甲联赛第二名，击败巴塞罗那，再次获得欧联杯参赛资格。2008-09赛季欧冠联赛，比利亚雷亚尔与卫冕冠军曼联分在E组，最终以小组第二身份晋级八强。现任主教练为基克·塞蒂恩。
2021年5月27日，比利亚雷亚尔点球大战战胜曼联，首次获得欧联杯冠军。
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